Fonctionnaires & Contractuels : Ai-je droit à des jours de congé annuel si je suis en arrêt maladie ?

Le 13 septembre 2023, la Chambre Sociale de la Cour de cassation a rendu trois décisions à ce sujet
(pourvois n°22-17.340, 341 et 342).
Ces arrêts ont eu un large retentissement médiatique.
Cependant, chose que beaucoup ignorent, la fonction publique était relativement en avance sur le
secteur privé dans ce domaine !
Le Droit
La DIRECTIVE 2003/88/CE DU PARLEMENT EUROPÉEN ET DU CONSEIL du 4 novembre 2003 concernant
certains aspects de l’aménagement du temps de travail dispose dans son article 7 que tous les
travailleurs doivent bénéficier de congés annuels d’au moins quatre semaines par an.
Malgré le fait qu’une Directive soit une disposition contraignante pour les pays membres quant aux
objectifs à atteindre selon l’article 288 du traité sur le fonctionnement de l’Union européenne (TFUE),
la France n’a jamais retranscrit cette réglementation sur les congés annuels.
En revanche, le Conseil d’Etat, bien avant la Cour de cassation, avait fait entrer les dispositions de la
Directive relative aux congés annuels dans le droit français, selon un avis n°406009 du 26 avril 2017 où
il est dit :

Cet avis s’applique dans les cas de congés suivants :

• Congé de maladie ordinaire du fonctionnaire
• Congé de maladie de l’agent contractuel
• Congé pour invalidité temporaire imputable au service (Citis) du fonctionnaire
• Congé pour accident de service ou maladie d’origine professionnelle de l’agent
• contractuel
• Congé de longue maladie
• Congé de longue durée
• Congé de grave maladie

Application pratique
La Directive travail de 2003, pour ce qui est des congés annuels, s’applique dans le droit de la fonction
publique depuis 2017, soit 14 ans après la Directive (mais 6 ans avant le secteur privé).
Un arrêt de la Cour administrative d’appel de Versailles a d’ailleurs récemment condamné l’Etat pour
ne pas avoir appliqué cette règlementation.
Dans la décision de la dite Cour, il a été précisé :
« Il résulte de la jurisprudence de la Cour de justice de l’Union européenne, […], que le droit au congé
annuel payé de chaque travailleur doit être considéré comme un principe du droit social de l’Union
revêtant une importance particulière, auquel il ne saurait être dérogé et dont la mise en œuvre par les
autorités nationales compétentes ne peut être effectuée que dans les limites expressément énoncées
par la directive 93/104/CE […]. » (CAA Versailles, formation plénière, 17 juill. 2023, n°22VE00442).
Par conséquent et en principe, si un fonctionnaire n’a pas pu prendre ses congés dans une situation
normale, ils sont perdus, sauf décision expresse de l’employeur public.
Mais il en va différemment en cas de maladie. C’est dans ce contexte que s’applique enfin la Directive.
Dans ce dernier cas, ils sont automatiquement reportés.
Comme le précise l’avis du Conseil d’Etat, cela peut aller jusqu’à 4 semaines de congés reportables sur
une période de 15 mois maximum.
Notons que si l’agent quitte la fonction publique à l’issue de sa maladie, sans avoir pu prendre ses
congés, alors il doit recevoir une indemnité compensatrice.
Enfin, l’agent public n’a aucune demande à faire pour que le report soit effectif, c’est le service RH qui
s’en occupe automatiquement.
Il convient simplement de vérifier que cela a bien été pris en compte par l’employeur.
Si tel n’est pas le cas, un recours gracieux, voire contentieux, pourrait être nécessaire afin de faire
respecter vos droits.
Nos avocats se tiennent à votre disposition pour répondre à toutes vos questions et vous conseiller.
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